تأسست الهيئة كجهة مستقلة بموجب المرسوم الأميري رقم (۱) لسنة ۲۰۰۹ لصاحب السمو الشيخ حمد بن محمد الشرقي عضو المجلس الأعلى حاكم إمارة الفجيرة – رعاه الله

 تم تعديل شكل ومسمى هيئة الفجيرة للموارد الطبيعية إلي مؤسسة الفجيرة للموارد الطبيعية ذلك بعد إصدار المرسوم الأميري رقم (۳) لسنة ۲۰۱۱ من صاحب السمو الشيخ “حمد بن محمد الشرقي” حاكم الفجيرة – رعاه الله

وبذلك تكون هيئة ذات استقلال مالي وإداري تسمى (مؤسسة الفجيرة للموارد الطبيعية ) ترتبط بالحاكم وتتمتع بالشخصية الاعتبارية ولها بهذه الصفة القيام بجميع التصرفات القانونية بما في ذلك تملك الأموال المنقولة وإبرام العقود والاتفاقيات وقبول الهبات والتبرعات ولها حق التقاضي وأن تنيب عنها في الإجراءات القضائية أي شخص ليمثلها أمام القضاء. كما يكون المقر الرئيسي للهيئة في مدينة الفجيرة ويكون لمجلس الإدارة فتح فروع لها في الإمارة إذا دعت الحاجة لذلك