هيئة البيئة هي جهة حكومية محلية تم إنشاؤها بموجب المرسوم الأميري رقم (1) لسنة 2018 الصادر عن صاحب السمو الشيخ حمد بن محمد الشرقي، عضو المجلس الأعلى للاتحاد حاكم إمارة الفجيرة، بتاريخ 5 سبتمبر 2018. وهي الجهة المعنية بإدارة الشؤون البيئية في إمارة الفجيرة وضواحيها، وإدارة المحميات الطبيعية البرية والبحرية، والحفاظ على الحياة البرية والتنوع البيولوجي، وإدارة الموارد المائية والموارد الجوفية وحمايتها من التلوث أو الاستنزاف. كما تختص الهيئة بإصدار التصاريح البيئية للأنشطة ذات التأثير البيئي، وتقييم تأثير المشاريع والاستثمارات على البيئة، وإعداد وتطوير السياسات والخطط البيئية المستدامة.